Aunque en los últimos cinco años se han presentado más de mil denuncias por hechos de violencia en La Araucanía, la Ley Antiterrorista solo se ha aplicado en diez procesos desde 2001. En cuatro de ellos hubo uno o más condenados; en otros tres, todos los acusados fueron absueltos o bien se suspendió el procedimiento, y las tres causas restantes se encuentran todavía pendientes. Hasta donde se alcanza a ver, y dejando de lado las diferencias en la magnitud teórica de las penas, la aplicación de la Ley Antiterrorista no solo ha sido escasa, sino, al parecer, también ineficaz. Esto último se observa muy claramente en la institución denominada "delación compensada", característica de la legislación antiterrorista en el mundo, en la que un acusado obtiene una rebaja importante en las penas a cambio de su confesión y de la revelación de antecedentes que permitan identificar a sus codelincuentes. En los dos procesos en que se ha utilizado esta institución, solo sirvió para condenar al mismo sujeto que se había inculpado a sí mismo, pues los tribunales terminaron por restar valor probatorio a la incriminación que este hizo respecto de los demás.

Si bien ha habido controversia respecto de las causas que estarían incidiendo en este fenómeno en el caso de La Araucanía, las dificultades en la aplicación de la legislación antiterrorista son asunto conocido en el derecho comparado. Comienzan con la propia definición del delito terrorista, asunto sobre el cual aún no existe acuerdo ni entre los estudiosos ni entre los estados. Después de un proceso de depuración que culminó recién en octubre de 2010, la ley chilena optó por considerar como terroristas ciertos delitos graves -homicidios, secuestros, detonación de explosivos, etc.- cuando se cometen con la finalidad de producir en la población, o en una parte de ella, el temor justificado de ser víctima de delitos de la misma especie. Tal finalidad estará presente -precisa la ley- cuando así se desprenda de la naturaleza y efectos de los medios utilizados para cometer el delito, cuando este es parte de un plan para atentar contra una categoría o grupo de personas, o bien cuando se comete para coaccionar a la autoridad. En contra de una opinión más o menos extendida, la definición adoptada por la ley chilena no es anticuada ni exageradamente represiva, como se desprende de la complejidad de los elementos que es necesario acreditar para que pueda hablarse de terrorismo. La prueba de estos elementos supone una indagación que va mucho más allá del hecho delictivo puntual y que, por lo mismo, es más compleja, está sujeta a mayores restricciones y debe superar un estándar relativamente elevado en el examen de "pertinencia" o vínculo que debe existir entre los antecedentes y las conductas concretas que se juzgan.

Una alternativa digna de ser explorada, y en sintonía con los instrumentos internacionales, consiste en considerar como agravante de ciertos delitos la vinculación del autor con una organización terrorista y el hecho de que se hayan cometido para servir de algún modo a los fines de la organización. Un régimen así permitiría eludir hasta cierto punto la difícil cuestión de lo que ha de entenderse por delito terrorista, o la discusión sobre si tal o cual hecho puntual todavía puede considerarse portador de la finalidad de infundir temor. Delito terrorista sería el que se comete en función de los fines de una organización terrorista -según la definición que de esta adopte la ley- y por un sujeto vinculado a ella. De esta manera, la prueba del carácter terrorista del hecho se concentra en demostrar los fines de la organización y la vinculación que el sujeto tiene con ella, y se evita tener que acreditar respecto de cada delito puntual la finalidad de infundir temor o los elementos complejos que la demuestran. El problema es que esta técnica legislativa exige un consenso político acerca de qué organizaciones pueden ser consideradas como terroristas. Pero este parece ser un problema positivo, pues permitiría transparentar el fondo de la discusión.